１．公益法人法の施行
平成12年12月「行政改革大綱」が閣議決定されて以来、我が国の「公益法人制度改革」が進められてきました。
その目的は、民間非営利活動を社会・経済システムの中で積極的に位置付け促進するとともに、民法34条法人について指摘される諸問題に適切に対処する観点から、抜本的かつ体系的な見直しを行うことにありました。
平成16年6月に「公益法人制度改革関連三法」が公布され、平成20年12月1日、同法の施行を以て、全ての公益法人は「特例民法法人」となり、平成25年11月30日までの期間内（5年間）に、財団法人の場合であれば、公益財団若しくは一般財団法人の選択が必要となりました。
この選択については、単にその当該法人の意思によるものではなく、公益財団法人の場合であれば、税制の優遇を受ける一方で、公益目的事業支出の50%以上であることと、遊休財産の保有制限等があり、自動車関連の公益法人はほとんどが一般法人を選択することとなりました。
２．継続事業・収益事業の部門区分
一般財団法人の場合では、その当該法人が行う事業を、継続事業或いは収益事業に大別します。継続事業とは、民法34条法人時に公益事業と称していたもので、収益事業とは営利事業のことを指します。継続事業については、単に公益性を有するだけではなく、その事業自体が損失構造でなければなりません。結果として、その継続事業の損失を収益事業で補填する仕組みを有する必要があります。当協会では、熊本県との協議の中で、継続事業を自動車の検査支援事業、整備士の要請事業、交通安全対策事業の３つとし、収益事業をそれ以外の事業としました。したがって、昨年の通常評議会提出時における財務諸表は９事業に細分しておりましたが、今期評議員会では、財務諸表に対する注記で会計方針の変更で説明しておりますが、それらをまとめて合算した事業区分としております。
３．熊本県への電子申請及び答申
平成24年5月29日、当協会では通常評議員会を開催し、移行登記設立時の最初の理事、最初の監事、最初の会長、最初の専務理事及び一般財団法人定款について、決議を頂きました。同年9月に、電子申請（内閣府が作成するホームページにより申請する方法）により、熊本県（公益法人担当班）へ申請を行いました。同年12月に答申（一般財団法人移行の許諾）を受けるにいたりました。
４．登記設立
平成25年3月下旬、熊本県より許可証を受け、設立登記のための書類を熊本地方法務局へ申請しました。これにより、平成25年3月31日を以て、財団法人天草自動車協会は解散し、4月1日に一般財団法人天草自動車協会として設立登記しました。
５．非営利徹底型法人
当協会は、一般財団法人に移行したと同時に、税法上は「非営利徹底型」を選択しております。非営利徹底型の条件としては、定款上において剰余金の分配を行わないと定めていること（定款第11条）。解散したときは、残余財産を一定の公益的な法人または国若しくは地方公共団体に贈与することを定めていること（定款第44条）等が掲げられています。つまりこの事により、一般的な法人より税的優遇を受けることとなります。
